Vorteil des Shunts sind die geringe Öffnung des Schädelknochens und die sofortige Druckentlastung. Nachteil ist die Besiedelung mit Bakterien, die mit der Zeit zunimmt.
Die Vorteile der minimal invasiven Hirnwasserableitung liegen in der kleinen Eröffnungsfläche des Schädelknochens zum Gehirn hin. Durch das kleine Bohrloch gelangen weniger Keime zum Gehirn, während die Sicht des Operateurs dank kleinen biegsamen Lichtleitern (Endoskopen) ausgezeichnet ist. Navigationsprogramme und Stereotaktische Anpeilung tragen dazu bei, auf dem Weg zu den Hirnwasserabflusswegen so wenig Hirnzellen wie möglich zu zerstören. Ohne Shuntoperation sterben 50 Prozent der erwachsenen Patienten an den Folgen der Erweiterung der Hirnwasserkammern und des Hirndrucks. 80 bis 90 Prozent der Patienten mit Wasserkopf verlieren ohne Hirnwasserableitung ihre geistigen und intellektuellen Fähigkeiten und werden körperlich behindert.
Ein großes, unlösbares Problem stellt die Besiedelung der künstlichen Hirnwasserableitung (Shunt) mit Bakterien dar (Infektion). Die Rate der Infektionen steigt proportional mit der Verweildauer des Shunts: Liegt eine Ableitung nur wenige Tage, z.B. nach einer Verletzung oder einem Einbruch einer Hirnblutung in die Hirnwasserkammer beträgt die Infektionsrate über den Ableitungsschlauch noch unter ein Prozent. Muss der Shunt mehrere Wochen liegen bleiben, steigt die Infektionsgefahr auf 10 – 15 Prozent. Langfristig beträgt die Rate an Infektionen (Ventil und Schlauchsystem) 20 Prozent, auch wenn das System korrekt und keimfrei eingesetzt wurde. Strittig ist die Behandlung bei Infektionen: Soll man bereits während des minimal invasiven Eingriffs Antibiotika geben, nur bei Fieber, bei einem Nachweis von Keimbesiedelung im Hirnwasser? Muss bei einer Infektion das Schlauchsystem gewechselt werden? Diese Fragen werden sehr unterschiedlich beantwortet.
In etwa 10 – 15 Prozent der Fälle verstopft das Ventil oder das Schlauchsystem im ersten Jahr, so dass ein neues gelegt werden muss.
Nicht schwerwiegend, aber mit Kopfschmerzen verbunden können die Folgen eines zu geringen Ventilwiderstands sein, wenn relativ zuviel Hirnwasser in das Ableitsystem, abgezogen wird. Kugel-Feder- oder Schlitz-Feder-Lager sollen dies verhindern. Bei einer zu raschen Entlastung kann es in sehr seltenen Fällen durch die heftige Ansaugung der Spinngewebshaut zu einer Blutung in den Raum zwischen die weiche Hirnhaut und die Spinngewebshaut kommen. Meist muss die Blutung durch Punktion abgesaugt werden, da sie sonst den Hirnwasserabfluss erneut verlegt. Diese Probleme machen die Alternative „Ableiten von Hirnwasser in eine natürliche Hirn-Höhle“ (Zisternostomie, s. Alternative Methoden) plausibel, die eine Erfolgsrate von etwa 70 Prozent hat.